Kvalitu závlahové vody určuje znečištění cizorodými látkami – organické a anorganické chemické látky a bakterie. Závlahová voda podléhá ČSN 75 7143 (Jakost závlahové vody).
Tuhé nerozpustné znečištění je významné především pro kapkovou závlahu, kde by mohlo ucpávat kapkovače a musí proto být odstraněno dobrou filtrací. U spodní závlahy protéká voda potrubím větších dimenzí a znečištění tuhými látkami je menším problémem.
Pro všechny typy vertikálních zahrad je žádoucí co nejmenší znečištění rozpustnými látkami, které způsobují zasolení substrátu. Hlavním ukazatelem kvality vody je obsah iontů sodíku a chlóru, jejich vyšší množství má na rostliny toxický účinek. Obsah hydrogenuhličitanů má hlavní podíl na tvrdosti vody, která má na rostliny také negativní vliv. Z tvrdé vody se sráží nerozpustné usazeniny (uhličitany), které zanášejí potrubí a velké problémy mohou způsobovat zejména v kapkovačích. Vhodnost vody pro závlahu z chemického hlediska se posuzuje podle celkového obsahu rozpuštěných solí (charakterizovaném hodnotou elektrické vodivosti – EC), podle vzájemného poměru Na+: (Ca2+ Mg2+), obsahu chloridů, síranů, uhličitanů a podle obsahu některých dalších látek, zejména rizikových prvků.
Tab 4 Nejvýše přípustné hodnoty (NPH) vybraných ukazatelů jakosti pro jednotlivé třídy podle ČSN 75 7143
| Ukazatel | Jednotka | Třída I | Třída II | Třída III | 
| Voda vhodná | Voda podmíněně vhodná | Voda nevhodná | ||
| A. Fyzikální ukazatele | ||||
| 1. Teplota vody (t) | oC | 35 | 40 | >40 | 
| B. Chemické ukazatele | ||||
| 2. Reakce vody(pH) | mg/l | 5,0-8,5 | 4,5-9,0 | <4,5 a >9 | 
| 3. Rozpuštěné látky (RL) | mg/l | 800 | 1 200 | >1 200 | 
| 4. Chloridy (Cl-) | mg/l | 300 | 400 | >400 | 
| 5. Sírany (SO42-) | mg/l | 250 | 300 | >300 | 
| 12 Měď (Cu) | mg/l | 0,5 | 2,0 | >2,0 | 
| 13 Mangan (Mn) | mg/l | 3 | 5 | >5 | 
| 17 Rtuť (Hg) | mg/l | 0.005 | 0.010 | >0.010 | 
| 20 Zinek (Zn) | mg/l | 1 | 2 | >2 | 
| 21 Železo (Fe) | mg/l | 10 | 100 | >100 | 
| 23 Tenzidy aniontové | mg/l | 2 | 4 | >4 | 
Z jakostních parametrů zálivkové vody ovlivňuje nejvíce chemické vlastnosti substrátů obsah hydrogenuhličitanů. Podle ČSN EN ISO 9963-1 se obsah hydrogenuhličitanů ve vodě udává v mmol HCO3-/l jako celková alkalita, nebo též kyselinová neutralizační kapacita (KNK4,5). Vzhledem k tradici se stále používají i stupně německé (°N). Agrochemické laboratoře, které provádějí rozbory vody v rámci poradenské činnosti, hodnotu KNK4,5 přepočítávají i na °N (KNK4,5 v mmol/l × 2,8 = uhličitanová tvrdost v °N).
Při uhličitanové tvrdosti >10 °N je nutné používat substráty s hodnotou pH na spodní úrovni doporučovaných hodnot. Při uhličitanové tvrdosti >15 °N je vhodné tuto vodu ředit s vodou dešťovou nebo upravovat minerální kyselinou (dusičnou, fosforečnou nebo sírovou).
Tab 5 Kritéria kvality zdroje závlahové vody pro pěstování dřevin v nádobách (*ex Dušek 1997; Behrens 1997; Szabla a Pabian, 2009 aj.), obecné parametry pro závlahovou vodu pro zahradní rostliny (** Šrámek a Volf 1989)
| Jakostní ukazatel | Jednotka | Bezpečná hodnota * | Mezní hodnota * | Vysoká hodnota** | 
| pH | 
 | 5,5–7,0 | <5,5 nebo >8,0 | >7,5 | 
| EC | mS/cm | <0,40 | >0,75 | >1,5 | 
| Ca | mg/l | <100 | >100 | >140 | 
| Mg | mg/l | <25 | >50 | >35 | 
| Na | mg/l | <15 | >30 | >40 | 
| KNK4,5 | mmol/l | 2,8–3,5 | >3,5 | >5,4 | 
| Uhličitanová tvrdost | °N | 8–10 | >10 | >15 | 
| Chloridy (Cl-) | mg/l | <15 (20) | >30 (50) | >80 | 
| Sírany (SO42-) | mg/l | <200 | dosud nestanoveno | >180 | 
| Fe | mg/l | <0,3 | >2 (5) | >0,5 | 
| Mn | mg/l | <0,2 | >0,5 | >0,5 | 
| Zn | mg/l | <0,3 | >0,5 (1,0) | >1 | 
| B | mg/l | <0,1 | >0,1 (1,0) | >0,5 | 
KNK4,5 v mmol/l × 2,8 = uhličitanová tvrdost v °N
Odolnost rostlin k solím ve vertikálních zahradách lze považovat za nízkou.
Při opětovném využití závlahové vody, která protekla systémem, je třeba mít na paměti, že se její chemické složení, případně i mechanické znečištění změnilo, a že je ji třeba upravit či naředit tak, aby splňovala všechny požadavky závlahové vody.
Na základě kvality závlahové vody je nutné upravovat i dávkování rozpustných hnojiv, tak aby hnojivý roztok měl vyvážený obsah hlavních živin – dusíku, fosforu a draslíku, ale i vápníku, hořčíku, síry (síranů) a stopových živin. Obsah a poměr hlavních živin (N : P : K) se mění v průběhu vegetačního období, obsah amonného dusíku na celkovém obsahu této živiny by měl být relativně nízký. Obsah vápníku, hořčíku a síry by měl být v průběhu vegetačního období relativně stabilní. To platí především při používání dešťové vody, která tyto živiny neobsahuje, a u plošných bezsubstrátových systémů a obecně při použití vláknitých substrátů.
Pokud je obsah síranů ve vodě kolem 125 mg SO4-/l (42 mg S/l), sírany se nemusí přidávat ve formě hnojiv. Totéž platí o hořčíku a vápníku při jeho obsahu ve vodě kolem 12 mg Mg/l, resp. 60 mg Ca/l.
Při vyšších koncentrací manganu a bóru v zálivkové vodě (>0,25 mg Mn/l, resp.>0,3mg B/l) by se tyto stopové živiny neměly do hnojivého roztoku přidávat. Vysoký obsah Fe > 0,5 mg/l může způsobit poškození rostlin, nebo ucpávání kapkovačů, pro odstranění se používá okysličování vody. Při přípravě hnojivých roztoků se zpravidla používá Fe ve formě chelátů. Optimální poměr Fe : Mn v hnojivém roztoku je 3 : 1.
Modelový příklad hnojivého roztoku pro pravidelné přihnojování během vegetace při použití dešťové vody.
| Obsah jednotlivých živin v mg/l hnojivého roztoku | ||||||||||||
| N | N-NH4 | P | K | Mg | Ca | S (SO42-) | Fe | Mn | Zn | B | Cu | Mo | 
| 100–160 | 32 | 30 | 160–200 | 30 | 150 | 20 (60) | 0,6 | 0,2 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,01 | 
 
     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                     
                    